解答：解：（1）顯性基因控制顯性性狀，隱性基因控制隱性性狀，當控制某個性狀的基因一個是顯性，一個是隱性時，只表現(xiàn)出顯性基因控制的性狀．“宇番1號”的果皮顏色為黃色，如果讓它與紅色果皮的“航育大紅”番茄雜交，雜交后代番茄的果皮顏色全為紅色，表明黃色性狀不能表現(xiàn)，因此黃色性狀是隱性性狀，控制黃色性狀的基因是隱性基因．因此“宇番1號”體細胞中，控制果皮顏色的基因組成是aa．
（2）變異是指生物的親子代之間以及子代不同個體之間在性狀上的差異性．根據(jù)引起變異的原因，變異包括遺傳的變異和不遺傳的變異：由遺傳物質發(fā)生變化引起的變異是遺傳的變異，由環(huán)境因素引起的變異由于遺傳物質沒有變化，這種變異不能遺傳給后代，是不遺傳的變異．太空育種可以獲得新品種的原因是在太空條件下（紫外線、宇宙射線等的輻射下）容易改變種子的遺傳物質，這種變異是遺傳物質改變引起的變異是可以遺傳的．然后通過選擇培育獲得符合人需要的可遺傳的變異新品種．
（3）一個番茄果實里會有多粒種子，原因是子房里面有多個胚珠，番茄的生殖方式為有性生殖．

故答案為：
（1）紅色果皮； aa
（2）遺傳物質；
（3）子房里面有多個胚珠；有性生殖

點評：解答此類題目的關鍵是理解基因顯性與隱性以及基因在親子代間的傳遞．